En l’an 3000, un mystérieux crâne a été découvert. Il est entouré de flammes bleutées. Personne n’arrive à savoir d’où il provient ni ce qui cause les flammes. Malgré tout, le crâne mystérieux attire les visiteurs. Bien des gens vont le voir, même si les scientifiques préfèrent qu’il reste sceller dans une pièce sécurisée.
Alors qu’Alana le regarde, le crâne se met à lui parler. Il lui dit être le Skull Heart et il peut réaliser n’importe quel vœu. Alana est méfiante. Jenny lui a bien appris que le mensonge et les trahisons existent. Malheureusement, le Skull Heart sait se montrer convaincant et Alana fait le vœu de revoir Jenny et sa famille.
Le Skull Heart réalise son vœu. Jenny, son frère Petey et sa mère Irene, sont téléportés de l’an 1990 en l’an 3000. En échange, Alana va se transformer lentement en la maléfique Skullgirl et détruire le monde.
Alana ne veut pas faire du mal à qui ce que soit. Elle demande à Jenny d’arrêter son pouls avec son Transkinèse. Jenny ne veut pas la tuer. Le Skull Heart dit à Alana que c’est inutile. La seule façon pour elle de mourir est pour le Skull Heart d’être détruit et Alana est maintenant « programmée » pour le protéger. Irene n’en croit pas un mot mais, quand elle tente de s’emparer du Skull Heart, Alana lui mord la main. Petey tente à son tour de prendre le crâne pour le détruire. Alana le repousse.
Tout en pleurant, Alana demande pardon à Jenny, Petey et Irene et elle s’enfuit avec le Skull Heart. La famille Kelly, Tulista, Lorien, Bruno, Arva et Freya partent à sa recherche. Alana est introuvable.
Une semaine plus tard, alors que la famille Kelly s’adapte à leur nouvelle vie dans le futur, des gens disent avoir vu des squelettes marcher. Cela trouble Arva et le Conseil de la Paix.
Trois jours plus tard, les squelettes sont partout. Les habitants de l’an 3000 sont obligés de les détruire avec leurs Transkinèses, ce qui donne un coup dur à leur psyché, car ils ne sont pas habitués à la violence. Tout à coup, une projection géante apparait dans le ciel. Il s’agit d’une jeune fille dont une partie de son corps n’a pas de chair, que des os. Jenny la reconnait. Alana.
Alana annonce qu’elle est la Skullgirl et qu’elle va détruire le monde. Elle encourage quiconque à l’arrêter et à détruire le Skull Heart, même si cela va la tuer.
Jenny, ayant son propre Transkinèse sur son front, regarde la projection d’Alana et elle promet de la combattre pour sauver le monde. Après tout, Jenny est sa meilleure amie. Sa mère, Irene, a beau supplier Jenny de ne rien faire, de rester cachée avec elle et Petey, elle ne veut rien savoir. Jenny doit arrêter Alana. Elle n’a pas le choix.